FSC森林认证有两种费用：直接费用和间接费用。直接费用就是认证本身的费用；间接费用就是为满足认证要求所支付的费用。多数情况下，间接费用比直接费用要高得多。
　　直接费用又称固定费用，它包括：森林评估和审计费用；年度审计费用。
　　间接费用又称可变费用，它与认证单位实施的森林经营体系质量有关。良好的森林经营体系就不必对现有的森林经营长远规划、森林作业操作规程做大的调整，也不必为培训、森林经营等进行更大的投入，从而减少为通过认证而在这些方面所支付的费用。
　　需要注意到就是FSC认证费用与认证森林的规模相关。在同等经营水平下，规模小的森林比规模大的森林的认证费用要高。

　　一般地，FSC/COC认证的总费用在三到十万左右。具体视公司规模、销售额、人员数量，现场数量等因素决定。